Первоочередные задачи Ассоциации:   активное участие в реформировании и создании эффективной системы отечественного здравоохранения; восстановление престижа профессии врача; социальная поддержка врачей; оценка безопасности, качества продуктов питания и эффективности средств и методов медицинского назначения; предоставление обществу объективной информации о свойствах продукции, методах лечения и оздоровления, влияющих на здоровье; участие в создании целостной системы, предоставляющей каждому гражданину страны возможность использования профессиональных знаний о здоровье; пропаганда населению здорового образа жизни; инновационная деятельность.   Развитие Ассоциации Заслуженных врачей происходит по межрегиональному принципу, через создание региональных отделений во всех регионах страны.   Цели и задачи являются основой в реализации Межрегиональной программы «Защита здоровья нации».